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En une cinquantaine d'années, l'informatique est devenue une composante essentielle dans beaucoup de secteurs de la recherche et de l'ingénierie en biologie.
De nouveaux domaines se sont imposés qui, sans informatique, n'existeraient pas, du simple fait de la masse de données à traiter : par exemple, le séquençage des génomes et donc la génomique comparée, la classification des protéines et des ARN, la prédiction et l'ingénierie des structures qui ouvrent des voies nouvelles en biologie, pharmacologie et médecine, avec les enjeux nouveaux de la médecine génomique. Réciproquement, les questions soulevées par la biologie et les singularités des données biologiques induisent de nouveaux problèmes en algorithmique, combinatoire et apprentissage.
Si le séquençage à haute vitesse atteint maintenant des débits spectaculaires, certaines analyses restent encore longues, délicates et coûteuses. Les données « -omiques » et cliniques peuvent aussi être rares pour certaines pathologies et l'exception est souvent la règle. Le recours systématique à l'apprentissage massif touche ainsi ses limites. Enfin, le biologiste et le médecin attendent des explications qui permettent d'augmenter la compréhension des phénomènes sous-jacents et pas simplement une optimisation statistique.
La modélisation, l'algorithmique et la science des données prennent donc une importance croissante. On s'attache à la construction de modèles informatiques et mathématiques pour prédire mais aussi expliquer les phénomènes biologiques qui se produisent au niveau de la cellule et de ses composants, et aussi pour des groupes de cellules, voire des organismes complexes. Il s'agit souvent de concevoir des outils dédiés à des phénomènes très particuliers.
Mais les techniques de l'information seules ne sauraient résoudre les problèmes et de larges connaissances en biologie restent indispensables en amont et en aval pour une contribution certaine aux sciences du vivant. La Bioinformatique, à l'interface entre Biologie et Informatique, est ainsi une discipline très diversifiée et qui évolue rapidement, tant les questions posées se renouvellent vite au fur-et-à-mesure des découvertes en biologie et du progrès des outils d'observation du monde vivant.
Les Neurosciences constituent un domaine encore plus vaste.
Les compétences acquises dans le Programme d'Approfondissement Bioinformatique
constituent aussi une bonne introduction pour aborder les Neurosciences avant
une spécialisation dans ce domaine en quatrième année.
Si l'on envisage une telle voie, un complément par le cours
HSS524 - « Sciences cognitives, sciences naturelles de l'esprit » est alors indiqué.
La plupart des cours de Biologie concernent assez directement l'étude du
système nerveux, plusieurs cours d'Informatique s'appliquent naturellement à
l'analyse des données en Neurosciences, et d'autres aux algorithmes de
simulation des mécanismes neuronaux.
Le programme d'approfondissement en Bioinformatique est une introduction aux concepts et enjeux de cette discipline, à travers quelques cours généraux en biologie et en informatique et quelques autres modules qui peuvent constituer un début de spécialisation. Il s'agit de se donner la compétence double qui permettra d'interagir au plus haut niveau avec des informaticiens, des biologistes et des médecins, au sein des équipes pluridisciplaires qui structurent maintenant la recherche et le développement dans ce domaine. Un choix de cours relativement vaste, théoriques ou appliqués, donne la possibilité de se construire un parcours individualisé, pour compléter sa formation au cas par cas et préparer un projet de carrière adapté, en fonction de ses centres d'intérêts.
Cette spécialisation se poursuivra en quatrième année, avant une orientation aussi bien vers le monde académique que vers le monde de l'entreprise. Dans ce dernier cas aussi, s'agissant le plus souvent de sociétés internationales, la thèse est toujours une étape conseillée pour une carrière de haut niveau.
Durant les deux premières périodes, l'accent est mis sur la consolidation des connaissances dont l'utilisation transversale sera développée au cours du stage de recherche. Le projet long, étalé sur les deux périodes, est aussi un moyen d'aborder cet exercice pluridisciplinaire. Les règles imposées veillent à maintenir un certain équilibre entre biologie et informatique, avec quelques compléments possibles en statistique, afin d'acquérir la compétence étendue qui fait la spécificité du bioinformaticien. Ces règles visent aussi à éviter la dispersion, tout en permettant à chacun de consolider ses points faibles et d'approfondir le domaine pressenti pour un début de carrière.
Les prérequis généraux pour ce programme sont d'avoir validé, en deuxième année :
À l'issue du programme d'approfondissement, il est possible de continuer un
cursus en bioinformatique. Il est possible aussi de se réorienter vers
l'informatique ou la biologie, en conservant un bénéfice de ce début de
double formation bioinformatique. La poursuite dans un cursus
monodisciplinaire suppose bien entendu que cette discipline soit restée une
majeure du cursus de 2A et 3A, étayant ainsi cette motivation.
Comme formations relativement équilibrées entre les deux disciplines, on peut
citer, par exemple,
La durée de ces formations est variable, de un an pour un M2 en France ou
certains MSc, à deux ans pour des programmes plus complets. Elles proposent
en général une voie recherche qui prépare à la poursuite en thèse.
Les débouchés en recherche académique, après une thèse, sont en laboratoires
universitaires ou dans les grands centres de recherche français
(INRA, Institut Pasteur, Institut Curie, Inserm, ...) ou internationaux
(ex. EBI, SIB, NCBI, ...).
Les activités exercées peuvent concerner notamment la conception
d'algorithmes d'analyse ou de prédiction, mais également le développement,
le nettoyage et l'enrichissement des grandes bases de données qui sont
mises à disposition de la communauté, ainsi que l'ingénierie des plateformes
qui les hébergent.
Les débouchés en entreprise, de préférence après une thèse, peuvent être
en Recherche et Développement dans les industries pharmaceutique et
agroalimentaire, l'agrochimie, l'ingénierie pour la santé, l'environnement,
ou les biotechnologies.
Il existe aussi des débouchés en gestion et valorisation de la R&D et en
conseil ou management de l'innovation technologique.
Règle de cohérence globale :
Au total, sur les deux périodes et les 8 modules obligatoires, il faut
suivre au moins
Période 1
3 cours au choix parmi :
Périodes 1 et 2
Le projet long remplace les EA de période 1 et 2, ou il peut être pris
comme deux modules optionnels, un par période.
1 projet long au choix parmi :
L'accord pour un projet long suppose la définition préalable d'un sujet, au plus tard lors de la réunion de rentrée en septembre. C'est le cas pour BIO511. Pour BIO572 et INF511, il est même conseillé d'entamer les démarches dès l'inscription.
Période 2
Période 3
Stage de recherche au choix parmi :
URL: https://www.enseignement.polytechnique.fr/bioinformatique/french/PA_X19_fr.html
Pour toutes suggestions, commentaires ou remarques, email : Philippe.Chassignet@polytechnique.fr