Alignement de séquences pour des protéines
Le sujet
Exemples de données à traiter
Voici tout d'abord une archive de quelques matrices
de scores. Cela illustre les possibilités de variation dans le format
d'une matrice.
Cette interface web
permet de générer d'autres matrices.
Les séquences seront lues dans le format FASTA, voici un
exemple de fichier contenant 5 séquences.
Le serveur UniProt permet de rechercher des familles de protéines
homologues, par
exemple.
Cliquer une entrée, par exemple P01101 et chercher sa
séquence FASTA.
UniProt permet aussi de faire des alignements, on peut regarder ces résultats
par curiosité mais il ne faut pas forcément chercher à
faire aussi bien.
Documentation sur les protéines
Voici un bon point de départ pour approfondir la question du point de vue
biologique :
Wikipedia
URL: http://www.enseignement.polytechnique.fr/profs/informatique/Philippe.Chassignet/11-12/ALIGNEMENT/index.html
Dernière mise à jour :
1/02/2012
Pour toutes suggestions, commentaires ou remarques,
email : Philippe.Chassignet@polytechnique.fr